Die meisten Seen in Baden-Württemberg – vom Bodensee über die oberschwäbischen Seen bis zu den Schwarzwaldseen – sind Relikte der letzten Eiszeit. Im Laufe ihrer Entwicklung unterliegen sie einem natürlichen Verlandungsprozess, der in Zeiträumen von Jahrtausenden abläuft. Während dieser Zeit stellt sich im Gewässer ein ökologisches Gleichgewicht ein, das auf strukturelle wie stoffliche Veränderungen durch menschlichen Einfluss meist empfindlich reagiert. Beispielsweise können Versauerung oder Eutrophierung (Überdüngung) die ökologische Balance erheblich stören. Sauerstoffarmut, Schadstoffanreicherungen nach Anhäufung, z.B. durch Mikroplastik und Artenverarmung sind weitere Folgen anthropogener Nutzung.
Um den zahlreichen Gefährdungen der Seen wirksam begegnen zu können, untersucht das Institut für Seenforschung der LUBW in Langenargen Art und Umfang der stofflichen und strukturellen Belastungen der Seen sowie die überaus komplexen physikalischen, chemischen und biologischen Wechselwirkungen der Einzelglieder des Ökosystems. Hieraus können schließlich Wertungen, Prognosen und Konzepte zur Minimierung der Seenbelastungen entwickelt werden. Die Internationale Gewässerschutzkommission für den Bodensee (IGKB) initiiert, unterstützt und begleitet entsprechende Maßnahmen und Programme am Bodensee.