Weitaus jünger als die natürlichen Seen sind die von Menschenhand geschaffenen Gewässer. Seit dem Frühmittelalter wurden Teiche und Weiher angelegt und für den Betrieb von Mühlen, zur Bewässerung, zur Fischzucht oder später auch als Löschteich oder Eisweiher genutzt. Viele dieser Gewässer sind mittlerweile verlandet oder wurden trockengelegt. Die heute noch existierenden Weiher unterscheiden sich limnologisch kaum von natürlichen Seen bis auf die Tatsache, dass sie künstlich aufgestaut sind und zur Verlängerung ihrer Lebenserwartung und Funktionsfähigkeit auch zuweilen abgelassen werden.
Die mehr als 600 Baggerseen sind vorwiegend im Zuge der Industrialisierung im 20. Jahrhundert entstanden und werden teilweise heute noch wegen der hochwertigen Kiese und Sande zur Rohstoffgewinnung genutzt. Die bedeutendsten Abbaugebiete befinden sich entlang des Oberrheingrabens. Aber auch im oberschwäbischen Bereich gibt es eine ganze Reihe relativ flacher Baggerseen. Prinzipiell sind die in Baggerseen ablaufenden Prozesse die gleichen wie in natürlichen Seen. Allerdings spielt hier der Einfluss des Grundwassers eine deutlich größere Rolle. Der Hauptanteil an Nährstoffen wird über den Grundwasserzustrom eingetragen. Die Landesanstalt für Umwelt, Messungen und Naturschutz Baden-Württemberg (LUBW) in Karlsruhe führt umfangreiche Messprogramme zur Überwachung und Erforschung der Baggerseen durch und bewertet und dokumentiert die Ergebnisse.